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HRMS的发展历史可以追溯到20世纪60年代末期。由于当时计算机技术已经进入实用阶段，同时大型企业用手工来计算和发放薪资既费时费力又容易出差错，为了解决这个矛盾，第一代HRMS应运而生。当时由于技术条件和需求的限制，用户非常少，而且当时的系统充其量也只不过是一种自动计算薪资的工具，既不包含非财务的信息，也不包含薪资的历史信息，几乎没有报表生成功能和薪资数据分析功能。但是，它的出现为人力资源的管理展示了美好的前景，即用计算机的高速度和自动化来替代手工的巨大工作量。
第二代的HRMS出现于20世纪70年代末。由于计算机技术的飞速发展，无论是计算机的普及性，还是计算机系统工具和数据库技术的发展，都为HRMS的阶段性发展提供了可能。第二代HRMS基本上解决了第一代系统的主要缺陷，对非财务的人力资源信息和薪资的历史信息都给予了考虑，其报表生成和薪资数据分析功能也都有了较大的改善。但这一代的系统主要是由计算机专业人员开发研制的，未能系统地考虑人力资源的需求和理念。
HRMS的革命性变革出现在20世纪90年代末。由于市场竞争的需要，如何吸引和留住人才，激发员工的创造性、工作责任感和工作热情已成为关系企业兴衰的重要因素，人才已经成为企业最重要的资产之一，使社会对HRMS有了更高的需求；同时由于个人电脑的普及，数据库技术、客户/服务器技术，特别是Internet技术的发展，使得第三代HRMS的出现成为必然。第三代HRMS的特点是从人力资源管理的角度出发，用集中的数据库将几乎所有与人力资源相关的数据统一管理起来。友好的用户界面，强有力的报表生成工具、分析工具和信息的共享使得人力资源管理人员得以摆脱繁重的日常工作，集中精力从战略的角度来考虑企业人力资源规划和政策注16。
总之，HRMS经过长时间的发展，主要表现在三个方面的发展趋势：
（1）HRMS由原来的C/S结构向B/S结构进行转变，这是市场的需求决定的；
（2）HRMS的功能由单一向全面、由简单向复杂的方向发展，现在的HRMS不仅是一个薪资计算的工具，更是一个改善人力资源管理流程，提高人力资源管理效率，提供人力资源管理决策支持的有力助手；
（3）企业希望HRMS蕴涵一套先进的人力资源管理流程和理念，通过运用HRMS来提升企业自身的人力资源管理水平。
