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越来越多的企业在选购hr系统的时候最后都会因为企业需求不能完全得到满足而选择二次开发，hr系统二次开发已经成为一种潮流，虽然ehr软件的二次开发更能匹配企业的个性化需求，但是，系统的二次开发还具有一定的风险，主要包括以下几点。
hr系统二次开发会增大系统升级难度指数
hr系统供应商一般来说会阶段性地对hr系统的新功能进行扩充，从而推出新的版本。系统版本的升级都是针对标准版的，不会考虑到二次开发的部分，因此，hr系统的二次开发绝大多数都要重新进行修改或者重新开发，有些甚至没办法进行升级，这个就是ehr软件二次开发最大的弊端。
hr系统二次开发会影响系统的稳定性
成熟的hr系统是由优秀的开发团队经过几年甚至十几年的开发研制，并且在大量的用户验证下成长起来的，这样的软件稳定性很高。而二次开发仅仅对少量甚至是单一用户需求，对某个局部的修改，因此，往往不会考虑二次开发对全局的影响，便容易殃及到整个hr系统的稳定性，再者，二次开发的测试以及试运行时间非常有限，那么，系统出现bug的几率就比较高了，系统复杂度增大了，耦合度也增大，系统的稳定性便被降低了。
hr系统二次开发有可能偏离企业实施hr系统的最初目标
二次开发需求一般会使得hr系统合理的逻辑屈服于企业原本固有的、习惯的工作方式，也会因为提高不同部门员工使用系统的效率，最终影响到系统流程的稳定性。
二次开发势必会加大ehr项目的成本
因为标准版hr系统的规模效应，软件产品的价格相对于其他非标准化的功能来说，相对比较低。而二次开发是只针对单一用户的，因此，这些功能开发的全部费用都要由有二次开发需求的企业来承担，即便是企业自行对hr系统进行二次开发，也是避免不了人力与物力的投入的，同样会增加hr系统项目的成本。
