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ehr系统二次开发具有风险性是毋庸置疑的，因为顾忌ehr系统开发的风险而放弃二次开发是不可能的，一个优秀的ehr系统供应商该做的就是全面地控制二次开发的风险，并将风险控制到最低。那么，如何控制ehr系统二次开发带来的风险呢？
合理分析企业的二次开发要求，有所取舍
许多企业都会有多个业务系统同时存在，还会有借口集成等问题，因此，供应商要根据企业的实际需求，并且从业务流程的整体角度去考虑，恰恰相反的，只从某一个功能或者某个部门的角度出发去考虑的二次开发是不合理的。虽然说企业要为自身实际考虑，但是，也不应该太过强调自身的特点，毕竟ehr系统中的管理流程是从许许多多的企业当中提炼而来的，其先进性与合理性具有的。企业的部分需求是企业流程本身的不合理产生的，恰恰应该通过ehr系统的实施来对企业的业务流程进行优化或者重组，而不是盲目地对ehr系统进行二次开发来适应那些不合理的流程。
尽可能使用系统原有的“闲置”字段，不轻易改动数据库结构
Ehr系统有些地方的二次开发会需要新增字段甚至是档案，会影响到原有的数据库，这时候要尽量利用hr系统中原有的“闲置”的字段，而不要轻易地新增字段以及文件档案。如果确实有需求，那么，最好与原开发商甚至是原开发人员进行确认，从而避免二次开发与产品原来的发展方向发生重叠或者冲突，这是考虑到日后ehr系统版本升级的问题。
不轻易修改ehr系统的核心代码，新功能要自成模块
Ehr系统二次开发要严格遵守的一个原则是：不轻易修改核心代码！如果必须要开发，那么，尽可能让二次开发的新模块独立于原来的ehr系统。这样，ehr系统版本更新的时候，二次开发出来的模块就不需要修改或者只需要比较少的修改就能够应用在高版本的ehr系统当中。
建立二次开发规范
Ehr系统是一个庞大繁杂的系统工程，二次开发一定要建立一套完整的开发流程以及标准。新扩充的字段，新建程序的命名都要制定统一的规范，另外，还要预留扩充的空间。公用组件是建议能不修改就不修改的，程序的编写则应该应该采用继承的方式。
加强it团队的建设，尽可能避免开发人员流失
Ehr系统供应商的一个重要工作就是培养自己的一支既懂得管理科学又懂得信息技术的，复合型的，专业化的人才队伍。而留住开发人才是降低ehr系统二次开发风险的关键策略。
